木托盘其问题主要存在于卫生/洁净度及生产稳定性等方面。
1、木材易受潮、发霉、虫蛀，且无法清洗。此外，其表面木屑脱落及螺钉锈蚀的问题也无法克服。
2、由于木材是天然材料，其质量受地域气候等多方面影响，即便是同一批原料，在干湿度、风裂等方面亦难以达到统一标准。
3、木托盘使用寿命较短，常规使用下周转次数约在200—300次。
4、同样由于卫生原因（主要是天牛虫的侵害），自1998年期美国及欧盟对中国出口用
木制托盘相继发出禁令，木托盘需经熏蒸等方法处理后方可出口。熏蒸所需时间及费用均较大（一般需48小时，费用为成本的20﹪左右），且熏蒸所用药剂（如溴化钾醇等）又为有害制剂。此外，出口使用后的托盘需由承运商负责运走或作销毁处理。这极大影响了一次性木制托盘的应用。
5、木托盘对木材的需求造成了对森林资源的巨大消耗甚至破坏。从发展趋势看，其原料资源将日益枯竭。
